[...]und dann wieder aus dieser Text-Datei in eine JTextArea einlade, haben sich ein paar Zeichen geändert!
[...]den Chriffretext z.B. an einzelnen Stellen zu verändern und die entstehende Veränderung der nach Entschlüsselung entstehenden Klartexte zu analysieren.
Könnte hier ein Zusammenhang bestehen?
Okay, Spaß beiseite.
Wenn dir das mit dem Ändern so wichtig ist, dann speicher den Chiffretext doch "Hexadezimal" ab, also jedes Zeichen (ich vermute mal die haben bei dir 8 bit) in seine zwei 4 bit langen Teile zerlegen und die dann als Zeichen zwischen 0 und F speichern. Quasi genau so wie man es im Hex-Editor sieht. Braucht zwar doppelt so viel speicher, behebt aber die Zeichensatzproblematik und bleibt "lesbar".
Oder wenn du es auf die Spitze treiben willst könntest du auch jedes Zeichen als Zahl in Textform speichern und die einzelnen Zeichen z.b. durch Leerzeichen trennen. Also z.B. "Hallo" => "72 97 108 108 111". Aber da wäre es recht umständlich, an eine bestimmte Position zu springen, weil nicht alle Zeichen gleich lang sind. Es sei denn du setzt überall führende Nullen ein.
